El clima es tropical con dos estaciones claramente diferenciadas, la lluviosa de mayo a octubre, y la estación seca de noviembre a abril, la precipitación anual va de los 2000 a los 2600 mm, según clasificación realizada por Vladimir Koppen. El municipio de Santa Ana de Yusguare está ubicado en la zona Sur de Honduras, aproximadamente a 7 km de Choluteca, la cabecera departamental. Sus coordenadas geográficas son las siguientes: 13° 18′ 0″ Norte, 87° 7′ 0″. 

Colinda al Norte con el municipio de Choluteca; al Sur con los municipios de Namasigue y El Corpus; al Este con el municipio El Corpus y al Oeste el municipio de Choluteca. 

Fuente: Alcaldía Municipal de Santa Ana de Yusguare, 2015

El municipio está conformado por 10 aldeas, 34 caseríos, 6 colonias y 8 barrios.

Fuente: Plan de Desarrollo Municipal de Santa Ana de Yusguare, 2010 - 2015

El clima es tropical con dos estaciones claramente diferenciadas, la lluviosa de mayo a octubre, y la estación seca de noviembre a abril, la precipitación anual va de los 2000 a los 2600 mm, según clasificación realizada por Vladimir Koppen.

Fuente: Plan de Desarrollo Municipal de Santa Ana de Yusguare, 2010 - 2015

Santa Ana de Yusguare es un municipio cuya topografía es un 80% plano y un 20% de montañas los terrenos son de vocación agrícola en su gran mayoría.

Fuente: ICF. 2015. Atlas Municipal Forestal y Cobertura de la Tierra.

En Santa Ana de Yusguare Cuenta con 11 manantiales u ojos de agua naturales y son utilizadas en los proyectos de agua potable de las diferentes Comunidades. La microcuenca del Cerro Guanacaure cuenta con un área de 5,114.65 Ha. Su protección tiene importancia municipal y supramunicipal, ya que se sitúa dentro del área protegida y se está conformada por tres nacimientos: Fortuna, Picachito y Guanacaure.  Estas fuentes se unen aguas abajo y forman la Quebrada Amates, la cual desemboca en el Río Sampile. La microcuenca abastece de agua para consumo humano a aproximadamente a 20,785 habitantes localizados en tres municipios: Santa Ana de Yusguare, El Corpus y Choluteca.   

Fuente: Alcaldía Municipal de Santa Ana de Yusguare, 2015

Cobertura forestal:

La mayor parte del territorio del municipio de Santa Ana de Yusguare se encuentra sin cobertura boscosa. Solamente el 18.98% se encuentra bajo cobertura de bosque latifolia do y bosque mixto. Las diferentes formaciones vegetales que se encuentran distribuidas de la siguiente manera:

Del total de bosque existente en la zona, el bosque de latifoliado ocupa la mayor extensión del territorio (10.83%) y en menor cantidad el bosque mangle (8.15%). y 81.02  Tierras sin Bosques.

Especies del bosque latifoliado en Yusguare : caoba, cedro, Guanacaste, liquidámbar, laurel, etc. Este tipo de bosque se distribuye principalmente en las partes altas de las montañas existentes en la zona del municipio y está asociado a zonas productoras de agua.

Algunas Especies de Flora Exitentes en el Municipio:

 Fuente: Elaboración en base al Mapa de Cobertura Vegetal. SINIT

En el Municipio de Santa Ana de Yusguare existes varia diversidad de Fauna entre ella se puede mencionar EL Garrobo, iguana, Guatusa, Zumbadora, Boa, Cascabel, Sapo, Rana Sope cabeza Negra, Sanate, Paloma Lechuza, Zorrillo, Guasalo Gato de Monte Etc. 

Fuente: Elaboración en base al Mapa de Cobertura Vegetal. SINIT

Existen dos tipos de bosque, el latifoliado y el mixto. El bosque latifoliado ocupa 774.11 Ha, lo que equivale a 10.83% del territorio municipal y bosque mixto que se extiende a 582.93 Ha, es decir un 8.15%, lo que suma un 18.98% del territorio total del municipio (1,357.04 hectáreas).

Del total de bosque existente en la zona, el bosque latifoliado ocupa la mayor extensión del territorio (93.74%) y en menor cantidad el bosque de mangle o mixto (6.26%). 

Fuente: Plan de Desarrollo Municipal de Santa Ana de Yusguare, 2010 - 2015

El municipio de Santa Ana de Yusguare se caracteriza por contar con un uso de suelo predominado por matorrales. En el año 1938, el principal uso era los pastos (cultivado y naturales) seguido de los cultivos anuales.  

Actualmente el uso de suelo con agricultura de subsistencia y matorrales sigue siendo importante.  

A esta ocupación le siguen las superficies con agricultura tecnificada y semitecnificada. Los principales usos del suelo en el Municipio son:

Bosque Latifoliado: En esta categoría se consideran todas las especies arbóreas de hoja de ancha. Dentro de esta formación se encuentran los bosques de mangle y las zonas con bosque seco. Aproximadamente el bosque Latifoliado representa el 10.83% del uso en el municipio. La explotación forestal se realiza en los bosques que están fuera de las áreas protegidas, sin embargo dentro del área de usos múltiples Cerro Guanacaure también se realizan algunas actividades de extracción por parte de las comunidades vecinas.  La principal especie con valor comercial es el Cedro (Cedrela odorata) 

Pastizales - Sabanas :Son áreas de bosque y cultivadas con pastos, con uso predominante para ganadería extensiva. La sabana en general es de  las categorías de mayor degradación ambiental por lo general localizadas en paisajes de montaña o laderas e inmediaciones de los valles. 

Pastos: La superficie cubierta por pastos se localiza en las planicies del municipio y comprende unas 1037.14 hectáreas. Son áreas de pastos manejados para el aprovechamiento de la ganadería extensiva y en algunos casos ganadería intensivas. 

Bosque Mixto: Son áreas en donde se encuentra una combinación del pino con otras especies de hoja ancha como robles, encinos, nance de montaña y en algunos casos quebracho, este ultimo en las zonas de bosque seco. Representa el 8.15% de la superficie en el municipio.  

Uso Industrial: Este uso esta vinculado a la producción agroindustrial de melón y sandia. 

Suelos desnudos: Suelos sin ningún tipo de cobertura vegetal o tierras en barbecho (tierra de labranza en periodo de reposo).Incluye las zonas de derrumbe, cauces de los ríos con evidencia de inundación reciente o zonas de extracción de material selecto. Esta clase de uso de suelo representa el 0.70% Libro

Fuente Verde Municipio de Santa Ana de Yusguare . PRORENA/GTZ.Febrero 2008 

En la municipalidad existe la Unidad Municipal Ambiental (UMA),  la cual es la encargada de la protección del Ambiente.  Desde la UMA  se realizan las campañas de limpieza de calles del Municipio, la mejora del ornato local mediante la reforestación de las principales calles utilizando plantas del vivero municipal, en el que se producen especies como: Neem, Manos Caidas, Guanacure y frutales como Mango, Aguacate y Nance. Otra de las gestiones de la UMA es extender la constancia de traslado y corte de madera.

Desde el punto de vista Organizativo en cada comunidad se formaron los comités ambientales, que son los vigilantes del bosque y cumplen entre otras funciones: alertar de incendios forestales, corte de árboles sin permiso y limpieza de calles de cada Comunidad. 

Tambien existe un plan de manejo para el Área de Usos Múltiples Cerro Guanacaure que busca el manejo sustentable y mejorar la calidad de vida de los pobladores del área. Dicho plan fue elaborado de manera participativa por los gobiernos municipales co manejantes y entidades de apoyo técnico.

Fuente: Alcaldía Municipal de Santa Ana de Yusguare, 2015

La biodiversidad y los recursos naturales existentes en la zona del municipio se encuentran salvaguardados a través de un área natural protegida  con estatus legal conferido por el Gobierno Central (Decreto No. 5-99-E, Articulo No. 1, inciso No. 10).

Área de Usos Múltiples Cerro Guanacaure: es una importante zona productora de agua para diversas comunidades rurales y urbanas. Cuenta con una topografía irregular, y la mayoría del bosque presente es latifoliado.

En este se encuentran aproximadamente 12 comunidades que pertenecen a los municipios de Santa Ana de Yusguare (430 ha), El Corpus (1,117 ha) y Namasigüe (215 ha).  Los habitantes de estas comunidades se benefician de actividades de explotación forestal, agricultura y caficultura.

Fuente: Alcaldía Municipal de Santa Ana de Yusguare, 2015